به منظور تامین اعتبارات مورد نیاز جهت انجام تحقیقات کاربردی در صنعت آب کشور و تولید و تعمیق دانش و فن‌آوری در بخش آب و در راستای برطرف نمودن مسایل و مشکلات آن، طرح تحقیقات کاربردی که متولی آن دفتر پژوهشهای کاربردی علمی می‌باشد در سال 1373 شروع بکار نمود و تاکنون توانسته است با سیاستگزاری و برنامه‌ریزی لازم و ایجاد ارتباط با دانشگاهها، محققان و مراکز علمی پژوهشی سراسر کشور، نظام پویایی را در زمینه پژوهش و تحقیق در ارتباط با نیازهای صنعت آب کشور بنیانگذاری نماید.
با توجه به محدودیت اعتبارات تخصیص یافته و سایر مشکلات موجود، تا سال 1377 سالانه فقط تعداد 7 پروژه تحقیقاتی از میان پروژه‌های تحقیقاتی پیشنهادی پژوهشگران کشور به دفتر پژوهشهای کاربردی در کمیته‌های تخصصی و هماهنگی این دفتر به تصویب نهایی رسید. در سال 1378 با افزایش اعتبارات طرح تحقیقات کاربردی و به ثمر رسیدن اقدامات و برنامه‌های انجام شده در سالهای قبل و به خصوص با انجام نخستین فراخوان ملی پیشنهاد پروژه‌های پژوهشی توسط این دفتر، تحول عمده‌ای در زمینه ایجاد نظام تحقیقاتی در بخش آب پدید آمد. این روند در سالهای بعد متناسب با تثبیت موقعیت دفتر و نیز آشنایی کارشناسان و پژوهشگران صنعت آب با نیازها و اولویتهای تحقیقاتی بخش آب کشور، روند معقولی به خود گرفته و کیفیت و محتوای آنها به نحو قابل ملاحظه‌ای افزایش پیدا کرده است.
همچنین در سالهای 1382 لغایت 1387 بخشی از اعتبارات طرح تحقیقات کاربردی به منظور انجام فعالیتهای پژوهشی در کمیته‌های تحقیقات به شرکتهای سهامی آب منطقه‌ای تخصیص داده شد. اعتبار طرح تحقیقات کاربردی در سال 1387 حدود 26 میلیارد ریال در نظر گرفته شده است.